História Košickej eparchie (nástupkyne Košického apoštolského exarchátu) začína dňom 21. februára 1997. V tento deň boli zverejnené dekréty č. 78/94 a č. 3/97 Kongregácie pre Východné cirkvi, ktoré oznámili, že Svätý Otec Ján Pavol II. ustanovil bulou Ecclesiales communitates nový apoštolský exarchát pre veriacich byzantského obradu so sídlom v Košiciach a za prvého apoštolského exarchu vymenoval vladyku Milana Chautura, CSsR, dovtedajšieho pomocného prešovského biskupa. Tento exarchát v zmysle ustanovujúceho dekrétu podlieha priamo Svätej stolici.
Územie exarchátu bolo vyčlenené z vtedy jedinej gréckokatolíckej eparchie na území Slovenskej republiky so sídlom v Prešove. Teritoriálne zodpovedá územiu Košického kraja a má rozlohu 6 753 km2. Zriadením Gréckokatolíckeho apoštolského exarchátu so sídlom v Košiciach bolo vytvorené osobitné cirkevnoprávne postavenie, ktoré aspoň v základných črtách zodpovedá špecifickému postaveniu Zemplína a Abova v dejinách mukačevského biskupstva.
Gréckokatolícky chrám Narodenia presvätej Bohorodičky v Košiciach sa zriadením exarchátu stal katedrálou košického apoštolského exarchu a neskôr aj košického eparchiálneho biskupa. Tu sa 2. marca 1997 vladyka Milan Chautur, CSsR ujal svojho úradu apoštolského exarchu. Dňa 13. apríla 1997, za prítomnosti apoštolského nuncia v SR arcibiskupa Luigiho Dossenu a biskupov zo Slovenska i zahraničia, sa v katedrále konala slávnostná intronizácia prvého exarchu, vladyku Milana Chautura, CSsR. Tu bol 18. februára uvdený aj do úradu prvého košického eparchiálneho biskupa.
Patrónmi biskupstva sú sv. Cyril a Metod, ktorí boli vyhlásení dňa 5. júla 1997 na odpuste (chrámovom sviatku) v Sečovciach.
Na území eparchie sa nachádza sedem pútnických miest: Klokočov (Zosnutie presvätej Bohorodičky), Košice (Narodenie presvätej Bohorodičky), Michalovce (Zostúpenie Svätého Ducha), Sečovce (sv. Cyril a Metod), Trebišov (Kristus Kráľ), Slovinky (sv. veľkomučeník Juraj), Veľké Kapušany (bl. hieromučeník P. P. Gojdič).
Dňa 1. septembra 1997 bol posvätený dom pre dočasný exarchátny úrad na Dominikánskom nám. 13 v Košiciach. Dňa 4. septembra 2005 bola posvätená nová budova ležiaca v bezprostrednej blízkosti katedrálneho chrámu, ktorá spĺňa všetky potreby pre riadiacu štruktúru cirkevného spoločenstva.
Na základe kánonu 191 §1 a §2 CCEO ustanovil vladyka Milan, prvý košický exarcha, dňa 1. 10. 1999 Gréckokatolícky exarchátny súd v Košiciach. Týmto sa stal apoštolský exarchát v Košiciach schopným riešenia cirkevno-právnych žiadostí.
Takmer presne po jedenástich rokoch od vyhlásenia Košického apoštolského exarchátu sa v pondelok 18. februára 2008 udiala v tejto mladej miestnej cirkvi ďalšia cirkevno-právna zmena. Za účasti J. Em. Kardinála Leonarda Sandriho, prefekta Kongregácie pre východné cirkví bol košický exarchát povýšený na eparchiu a vladyka Milan Chautur uvedený do úradu prvého košického eparchiálneho biskupa. Súčasne bola Košická eparchia spolu s Bratislavskou eparchiou začlenené do prešovskej gréckokatolíckej metropolie sui iuris.
Nové hierarchické usporiadanie Gréckokatolíckej cirkvi sa udialo z vôle Svätého Otca Benedikta XVI., ktorý apoštolskou konštitúciou Qui successimus (Ako nástupcovia) z 30. januára 2008 rozhodol pozdvihnúť Košický exarchát na stupeň samostatnej eparchie a osobitným dekrétom ju zveril pastierskej starostlivosti vladykovi Milanovi Chauturovi.
Dňa 24. júna 2021 pápež František prijal zrieknutie sa pastoračného riadenia Košickej eparchie predložené vladykom Milanom Chauturom CSsR a menoval za košického eparchiálneho biskupa vladyku Cyrila Vasiľa SJ, dovtedajšieho apoštolského administrátora sede plena Košickej eparchie, pričom mu ponechal titul arcibiskup. Vladyka Milan Chautur sa tak stal prvým košickým emeritným biskupom.
V nedeľu 4. júla 2021 v predvečer sviatku apoštolom rovných sv. Cyrila a Metoda, učiteľov Slovanov sa v košickej katedrále Narodenia presvätej Bohorodičky slávila archijerejská svätá liturgia pri ktorej bol vladyka Cyril uvedený do úradu košického eparchiálneho (sídelného) biskupa.
Z celkového počtu obyvateľov žijúcich na území Košickej eparchie, tvorí komunita gréckokatolíkov približne 9,5 percenta, vyjadrené v číslach podľa sčítania obyvateľov v roku 2021 bol celkový počet obyvateľov v Košickom kraji 782 216, z ktorých sa 74 240 hlásilo ku Gréckokatolíckej cirkvi.
V súčasnosti (k 31.1.2022) je Košická eparchia spoločenstvom približne 75 tisíc gréckokatolíkov žijúcich v 98 farnostiach, siedmich protopresbyterátoch (dekanátoch), 17 mestách, 440 obciach, o ktorých sa stará 174 kňazov, z ktorých sú 16 rehoľníci, 3 mnísi, 13 dôchodcovia, 9 vykonávajú pastoračnú službu v zahraničí a 3 pôsobia v Ordinariáte OS a OZ SR. Na území eparchie pôsobí v niekoľkých rehoľných domoch aj 31 rehoľných sestier. Na kňazstvo sa pripravuje 25 seminaristov. Bohoslužobný život sa uskutočňuje v 158 chrámoch a niekoľkých farských, školských, nemocničných a iných kaplnkách na území eparchie.
Od roku 1997 bolo na území Košickej eparchie zriadených 18 farností, posvätených 26 nových chrámov a 21 nových farských budov. Kláštorný chrám Zostúpenia svätého Ducha v Michalovciach, kde sú uložené ostatky blahoslaveného Metoda Dominika Trčku CSsR, bol v roku 2012 povýšený na „baziliku minor.“ Chrám Zosnutia presvätej Bohorodičky v Klokočove, v najvýznamnejšom pútnickom mieste Košicke eparchie, ktoré si v roku 2020 pripomenulo 350. výročie od zázračného slzenia ikony Presvätej Bohorodičky, bol v roku 2020 spojený duchovným putom s rímskou pápežskou bazilikou Santa Maria Maggiore. V deň sviatku Zvestovania Presvätej Bohorodičke 25. marca 2021 bol v celej Gréckokatolíckej cirkvi na Slovensku vyhlásený nový mariánsky sviatok s titulom Pamiatka zázračnej klokočovskej ikony Presvätej Bohorodičky, patrónky Zemplína. Zároveň bola klokočovská Bohorodička vyhlásená za patrónku východoslovenského regiónu, ktorý sa historicky nazýva Zemplín. Nový sviatok sa bude sláviť každoročne prvú nedeľu v mesiaci október. V prípade, že na prvú nedeľu pripadne dátum 1. október, čo je sviatok Pokrova – Ochrany Presvätej Bohorodičky, liturgická spomienka klokočovskej ikony sa bude sláviť nasledujúcu nedeľu.
Na sviatok sv. apoštolov Petra a Pavla na svätej omši, ktorej predsedal pápež František v Bazilike sv. Petra, bola vystavená aj ikona Klokočovskej Bohorodičky. V ten deň zároveň pápež požehnal aj korunky, ktorými bol klokočovský obraz korunovaný počas návštevy Svätého Otca Františka v Prešove v septembri 2021.
V posledných rokoch sa mesto Košice stáva cieľom migrácie mnohých gréckokatolíkov z východného Slovenska, ale aj študentov a pracujúcich z Ukrajiny, ktorí sa tiež hlásia ku Gréckokatolíckej cirkvi. Aj z tohto dôvodu boli v roku 2020 zriadené v Košiciach dve nové farnosti, aby sa zlepšila pastoračná starostlivosť o gréckokatolíkov v druhom najväčšom meste Slovenska. Zároveň boli v tom istom roku v Košickej eparchii ustanovení aj dvaja noví biskupskí synkeli (vikári). Jeden pre maďarských a jeden pre rusínskych a ukrajinských gréckokatolíkov žijúcich na území eparchie.
Dejiny eparchie v Košiciach sú zatiaľ krátkymi dejinami; stoja na svojom začiatku. Sú však viditeľným pokračovaním udržiavania a sprostredkovania viery našich otcov, ktorú nám priniesli svätí, apoštolom rovní, Cyril a Metod, spolupatróni Európy.
